L’IFEA a pour vocation de contribuer au développement et à la diffusion des connaissances scientifiques sur les sociétés et les milieux andins. Centre d’accueil pour les chercheurs français, européens et andins, l’Institut étend ses actions de coopération sur une aire comprenant la Bolivie, la Colombie, l’Équateur et le Pérou. Il favorise les approches comparées et œuvre au décloisonnement régional.

L'IFEA diffuse et la valorise des connaissances, grâce à l’édition d’une revue, le Bulletin de l’Institut Français d’Études Andines, et la coédition d’environ trente livres par an dans les collections : Travaux de l’Institut Français d’Études Andines, Bilblioteca Andina de Bolsillo, Actes & Mémoires de l’Institut Français d’Études Andines.

Depuis 1948, l'IFÉA a publié plus de 300 ouvrages dans la collection Travaux de l'IFÉA. Ces livres sont presque toujours réalisés en coédition avec des institutions, des universités et/ou des centres de recherche andins.