Le CEMCA est un établissement à autonomie financière qui dépend du Ministère des Affaires Étrangères (MAE) et du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Il fait partie  du  réseau des Instituts français à l'étranger (IFRE), qui est constitué de 27 centres de recherche localisés partout dans le monde. Le CEMCA travaille sous le couvert des ambassades de France au Mexique et en Amérique Centrale, et coordonne ses activités avec leurs services culturels et de coopération scientifique et universitaire.

Le CEMCA est implanté sur deux sites, son siège à Mexico, et son antenne au Guatemala. En janvier 2010, le CEMCA et l'IFEA - Institut Français d'Etudes Andines se sont regroupés pour former une seule unité de recherche : l'USR 3337 Amérique Latine, laquelle leur permet de s'inscrire dans une vraie dynamique internationale grâce à des axes et des projets de recherche commun.

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